כלי מקוון חדש יסייע בסיווג מדויק יותר של דגימות גידולי סרטן

צוות מדענים בינלאומי פיתח כלי מקוון חדש שיסייע בסיווג דגימות גידול מחולים על בסיס מאפיינים מולקולריים ייחודיים שזוהו על ידי פרויקט אטלס הגנום של הסרטן TCGAי- The Cancer Genome Atlas.

במקום הסיווג המסורתי של סרטן לפי מיקומו בגוף (כמו סרטן ריאה או סרטן שד), הכלי החדש מאפשר סיווג מדויק יותר המבוסס על המאפיינים המולקולריים של הגידול. מחקר על הסיווג פורסם בכתב העת Cancer Cell והוא עשוי לסייע בהתאמת טיפול ממוקד יותר לחולים.

פרויקט TCGA הוא מיזם בן עשור בהובלת המכון הלאומי לסרטן האמריקאי, שיצר מפות מולקולריות מפורטות של 33 סוגי סרטן. הצוות ניתח 8,791 דגימות סרטן מ-TCGA, המייצגות 26 קבוצות סרטן ו-106 תת סוגים.

החוקרים השתמשו בחמש שיטות למידת מכונה כדי לפתח מודלים המבוססים על מספר קטן של מאפיינים המסוגלים לסווג דגימות חדשות לתת הסוגים המולקולריים שהוגדרו קודם לכן על ידי TCGA. הכלי המקוון כולל 737 מודלים מוכנים לשימוש, המייצגים את המודלים המובילים מכל אחת מ-26 קבוצות הסרטן, חמש אלגוריתמי אימון ושישה סוגי נתונים.

בכתבה באתר Science Daily, אמר פיטר לאירד, ראש הקתדרה לאפיגנטיקה במכון ואן אנדל ומוביל המחקר, כי הכלי החדש יהיה נכס רב ערך ליצירת בדיקות קליניות המבוססות על השונות המולקולרית בין סוגי סרטן שונים. הדבר משמעותי כיוון שגידולים השייכים לתת סוגים שונים עשויים להגיב באופן שונה לטיפולים אונקולוגיים.

המשאב החדש מגשר לראשונה על הפער בין ספריית הנתונים העצומה של TCGA ליישום קליני ומאפשר תכנון מואץ של ערכות בדיקה ספציפיות לתת סוגי סרטן לשימוש בניסויים קליניים ובאבחון סרטן.